生态系统是由生物群落及其生存环境共同组成的动态平衡系统。生物群落同其生存环境之间以及生物群落内不同种群生物之间不断进行着物质转换和能量流动，并处于相互作用和相互影响的动态平衡之中。
自然界的生态系统大小不一，多种多样，其范围可大可小，时间可长可短，相互交错。但作为一个完整的生态系统都是由生产者（通常为植物）、消费者（通常为动物）、分解者（通常为细菌）三部分所组成。非生命物质在这三个角色之间运转循环。生产者吸收无机营养物质，通过光合作用，产生有机物；消费者依靠直接或间接摄食生产者而生存生长；生产者和消费者死亡之后，其尸骸（包括消费者的粪便排泄物等）由分解者利用，分解者通过呼吸作用将有机废物转化为无机营养物质，回归大自然进行下一轮循环。生态系统最主要的特征就是循环原则，循环原则也可以理解成自我净化与自我组织协调。
一、养殖业所处的生态系统
养殖业有畜禽养殖（或称陆地养殖）与水产养殖。所处的生态系统同样由生产者、消费者、分解者三部分角色组成，非生命物质（主要指无机盐类与有机废物）在这三个角色之间循环运转。只是非生命物质有机废物部分与广义生态系统有所不同，养殖业所处的生态系统的有机废物主要指饲养动物的粪便排泄物。
放养模式，人类参与度小的原始状态，畜禽密度小，不投喂饲料，如大草原上放牧的羊群。羊群拉屎撒尿直接撒在草原上，这些粪便排泄物由土壤里细菌利用分解成无机物质，草原上的草吸收无机养分，通过光合作用茂盛生长，生长的草又被羊群吃掉。该场景中，粪便等有机废物由细菌利用分解，再被草吸收利用长草，即细菌分解与植物生长环节（这两个环节是连在一起不可分开的），与羊群吃草（动物摄食）生长环节，是叠加重合在同一时空里的。
集约化畜禽养殖模式，畜禽密度大，需要投喂饲料，如现在的养猪场、养牛场、养鸡场等，每天都产生大量的粪便排泄物。因此生产过程的剩饵残渣，每天都需要清理，畜禽粪便排泄物，养殖工人也可以做到每天清理运走。也就是说畜禽的残饵、粪便排泄物能够与其所处的环境及时分离。畜禽养殖和其所处的生态系统，与大草原放牧羊群所处的生态系统发生了很大变化。畜禽养殖生长的场所，与粪便处理净化环节，时间、空间上必须人工参与将其分开。
畜禽的粪便排泄物在养殖场所不能通过生态系统完成循环净化，必须通过人工清理搬运，再根据合适的农时季节施粪到农田，由土壤里细菌利用分解，再由种植的农作物吸收利用转化为小麦、稻谷、玉米，或各类蔬菜，或各类水果等，完成循环净化的过程。由此看出，细菌分解与植物生长环节属于种植业，与（畜禽）养殖业分属生态系统的两个阶段，且这两个阶段处在不同的时空。养殖业仅是消费者阶段，分解者与生产者阶段属于种植业，养殖业与种植业合在一起才能构成一个生态系统闭环，才能完成物质运转和循环净化。
二、池塘养殖所处的生态系统
江河、湖泊等自然水域生存的鱼类，密度稀少，不投喂人工饲料。鱼类与其所处的生态系统同大草原放牧的羊群一样，产生的粪便排泄物不多，生态系统完全能够循环净化，消化处理。
池塘养殖是水产养殖的主要形式，同集约化畜禽养殖模式一样，每天都需要投喂大量饲料，产生着大量粪便残饵等有机废物。但是，池塘养殖能不能跟畜禽养殖场一样，每天从池塘中把鱼类粪便残饵等有机废物清理搬运出水体呢？答案，不能！鱼类粪便、残饵散失混杂在鱼儿所处的水环境里，难以及时分离。只要池塘不清塘不清淤，整个养殖季节鱼类粪便残饵一直累积在池塘中。想象一下畜禽养殖场，假如10天不清理粪便排泄物会出现什么场景？不难想象，将是屎尿遍地横流，臭气熏天啊！饲养的畜禽难以忍受，患病几率大大增高。
池塘养殖面对如此棘手的问题，怎么办？那就要充分认识和依靠池塘水体生态系统自身循环运转及其自我净化的功能。
池塘生态系统生物链与物质循环示意图
对照着经典生态系统定义，池塘水体生态系统三个角色组成，生产者就是藻类，消费者就是水生动物以及养殖鱼类，分解者就是细菌。非生命物质中有机废物主要是鱼类粪便残饵和水生生物尸骸。
养殖池塘中粪便残饵等有机废物被细菌利用，通过呼吸作用，降解成无机营养物质，这些无机营养物质在藻类光合作用过程中，被藻类吸收利用即转化为藻类，从而完成有机废物的净化过程。该过程可以直观简称为粪便残饵处理净化环节。需要反复一再强调的是，池塘鱼类粪便残饵处理净化环节，与鱼类生存生长的水环境是处于同一空间而且同时进行，两者时空上重合叠加在一起的。
